İnce bağırsakta sindirimi tamamlanmış olan maddeler villus (tümür) hücreleri tarafından emilir. Villus hücreleri, ince bağırsakta yüzey alanını genişletir ve emilim hızlandırır. İyonlar, alkol, hormonlar, bazı zehirler, nikotin, midede Na, K, Cl, Br, I, alkol ve bazı zehirler ağızda emilirken, su ve bazı vitaminler ince bağırsakta emilir. İnce bağırsak kısmına jejenum, geri kalan kısmına da ileum denir. Emilmesi hızlı olan maddeler jejenumda emilirken, emilmesi yavaş olan maddeler ileumda emilir.
Sağlıklı bir insanda karbonhidratların tamamı, yağların %95’i ve proteinlerin %90’ı ince bağırsakta emilir. Kalın bağırsakta ise su, vitamin ve bazı madensel tuzlar emilir. Bağırsakların 1/3’ü alındığında insan yaşar, %50’si alındığında ise insan yaşayamaz. Emilme, difüzyon ve aktif taşıma yoluyla gerçekleşir. Molekül büyüklükleri eşit olan maddelerin emilme oranları farklı olabilir. Glikoz, Na iyonları ile birlikte aktif taşıma yoluyla emilebildiği gibi, kolaylaştırılmış difüzyonla da emilebilir. Fruktoz ise emildikten sonra bağırsak epitelinde glikoza çevrildiği için yavaş taşınır.
Zehirlenme durumunda emilme azalır. Glikoz, aminoasitler, mineraller ve su, villuslardaki kılcal kan damarları ile emilirken, yağ asitleri ve gliserol lenf kılcalları tarafından emilir. Yağlar, proteinle kaplandıktan sonra kilomikron halinde lenf yolu ile kanı kalbe taşıyan damarlara taşınır. İnce bağırsaktan emilen yağların %90’ı ve A, D, E, K vitaminleri bu şekilde taşınır. Geriye kalan kısa zincirli bazı yağ asitleri ise villuslardan kılcal kan damarlarına geçerek dolaşıma katılır.
Villüslerdeki kılcal kan damarlarına geçen şekerler, aminoasitler, su ve mineraller bağırsağı karaciğere bağlayan kapı toplardamarına açılır. Kapı toplardamar yolu ile karaciğere fazla glukoz gelirse, karaciğerde glikojen şeklinde depo edilir. Kan glukoz düzeyi düştüğünde, karaciğer depo glikojenin bir kısmını glukoza dönüştürüp kana verir. İnsan karaciğerinin depolayabileceği glikojen, vücudun dört saatlik glukoz ihtiyacını karşılayabilir.
Eğer yiyeceklerle glukoz alınmaz ise, karaciğer aminoasitleri glukoza çevirerek kana verir. Çünkü beyin hücreleri amino asit ve yağ asitlerini enerji için kullanmadığından glukoza ihtiyaç duyar. Kandaki glukoz düzeyi normal sınırların altına düşecek olursa, ölüm meydana gelebilir.