Sindirim sistemi, mide ile kalın bağırsak arasında kalan bölümden oluşur. Bu bölüm, 12 parmak bağırsağı, boş bağırsak ve kıvrım bağırsağı olarak bilinir. 12 parmak bağırsağı, ince bağırsağın kısa başlangıç bölümüdür ve vater kabarcığı üzerinde yer alır. Karaciğerden çıkan koledok kanalı ve pankreastan çıkan wirsung kanalı da buraya açılır.
Midedeki sindirimi tamamlanan kimüs, 12 parmak bağırsağına geçer ve buradaki hücreler sekretin ve kolesistokinin hormonlarını kana salgılar. Bu hormonlar pankreas ve safra kesesinin salgı boşaltılmasını sağlarlar. Sekretin, mide asit salgısını inhibe ederken pankreastan bikarbonat salgısını uyarır. Yağ asitleri ve amino asitler ise kolesistokinin salgılanmasını uyararak, safra kesesinin kasılarak salgısını boşaltmasını sağlarlar.
Boş bağırsak, 12 parmak bağırsağından sonra gelen bölümdür ve ince bağırsağın %40’ını oluşturur. Emilim işleminin büyük kısmı burada gerçekleşir. Kıvrım bağırsak ise ince bağırsağın son kısmıdır ve kalın bağırsağa bağlandığı noktada besin artıklarının geri dönmesini engelleyen bir büzgece sahiptir.
İnce bağırsağın içini döşeyen mukozadaki salgı bezleri, mukus ve hidrolitik enzimler salgılar. Mukus, bağırsak hücrelerini koruyan bir yapıdır. Enterokinaz, peptidaz, maltaz, sükraz, laktaz ve nükleotidaz gibi enzimler ise besinlerin emilimini sağlar.
Villus adı verilen parmak şeklindeki yapılar, ince bağırsak mukozasında bulunan emilim işlemini sağlarlar. Villuslar, mikrovilluslu epitel hücrelerinden oluşur ve kan ve lenf kılcallarını içerirler.