Omurgasız hayvanların birçoğu, boşaltım maddelerini vücut yüzeyinden difüzyonla atarlar. Ancak bazıları, özel boşaltım sistemlerine sahiptirler. Yassı solucanlarda, protonefridyum olarak bilinen alev hücre sistemleri yer alır. Bu sistemde, boru şeklindeki özel yapılar, alev hücreleri ile birlikte çalışarak vücut sıvılarından suyu ve çözünen maddeleri süzerek, hipotonik idrarı oluşturur ve dışarı atarlar.
Halkalı solucanlarda, nefridyum adı verilen borucuklar sistemi vardır. Her halkada bir çift nefridyum bulunur. Bu sistemde, kirpikli huni şeklindeki bir yapı, vücut boşluğuna açık olan boşaltım kanalına bağlıdır. Süzüntü, kirpikli huniden geçerek boşaltım kanalına taşınır. Buradan geçen su, besinler ve atık maddeler, kılcal damarlarda emilerek geri alınırken, hipotonik idrar dışarı atılır.
Böceklerde ise, Malpighi borucukları, boşaltım ve osmotik düzenleme görevi yaparlar. Sindirim kanalına açılan borucuklar, hemolenf adı verilen dolaşım sıvısına bağlanır. Transport epiteli adı verilen hücreler, azotlu atıklar ve diğer çözünen maddeleri borucukların içine doğru salgılarlar. Amonyak genellikle ürik asit kristallerine çevrilir ve çoğu zaman anüsten dışarı atılır.
Sonuç olarak, omurgasız hayvanlar, gelişmişlik derecelerine bağlı olarak değişik tipte boşaltım sistemlerine sahiptirler. Bu sistemler, vücut sıvısındaki su, atık maddeler ve diğer çözünen maddelerin kontrolünü sağlarlar.