Ekosistemin etkileyen faktörleri, canlı ve cansız faktörlerin karşılıklı etkileşimleriyle oluşur. Bu faktörler iki ana kategoriye ayrılabilir: biyotik faktörler ve abiyotik faktörler.
Biyotik faktörler, ekosistemde birbirleriyle etkileşim içinde olan canlı varlıkları ifade eder. Canlılar, ekolojik nişlerine göre üreticiler, tüketiciler ve ayrıştırıcılardan oluşur.
Üreticiler, inorganik maddeleri kullanarak organik besin maddelerini sentezleyebilen canlılardır. Fotosentetik organizmalar Güneş enerjisini kullanarak besin sentezi yaparken, kemosentetik organizmalar inorganik maddelerin oksitlenmesinden enerji üretirler. Tüketiciler, organik besinleri kendileri üretemeyip dışarıdan hazır olarak alan canlılardır. Holozoik, saprofitik ve parazitik tüketici tipleri vardır. Ayrıştırıcılar ise ölü bitki ve hayvanları parçalayarak maddelerin döngüsünü sağlarlar.
Bu faktörler arasındaki etkileşimler, ekosistemin sağlıklı bir şekilde işleyebilmesi için önemlidir. Ekosistemdeki her canlının kendine özgü bir rolü ve önemi vardır. Doğal denge ve çeşitlilik korunduğu sürece, ekosistemler sürekli olarak gelişip yenilenirler.